茶叶多组学综合数据库发布
2023-08-08 10:18:16
(资料图片)
茶被世界卫生组织推荐为六大健康饮料之首，全世界有超过20亿人饮茶。茶树包含多个物种，如用于制备茶饮的山茶属茶树、观赏用山茶花和油料作物茶油树等。近年来，随着基因组学技术广泛应用，山茶属多组学数据迅猛增长，为茶叶生物学研究带来新机遇和多组学数据整合和利用的新挑战，建立一个综合性数据库支持茶叶基因研究势在必行。
Teabase数据库主要模块概览
盛军团队长期致力于茶叶基因组、功效成分及功能机理研究，搜集并整合了山茶属多个参考基因组、重测序、转录组等组学数据，并将这些数据整合为8个基础模块，共收集265个种以及714个品种的分类信息，可满足人们对山茶属生物资源信息的了解。
团队中的云南农业大学教授董扬、博士研究生李旭真还提供了包括泛基因组、临沧茶树重测序与土壤宏基因组测序数据三项独立研究，构建并发布了山茶属多组学数据库——Teabase。此外，盛军教授团队还开发了引物设计、基因组浏览器、基因表达查看等一系列实用分析工具，采用大量交互式可视化图表，满足研究学者对基因、变异位点、基因表达等信息的检索、分析、整合以及下载等需求。
据悉，这是世界上首个综合茶叶多组学数据库，收录了大量茶叶相关的多组学数据，一半以上数据为首次发表，包括12个参考基因组和一份泛基因组组装、100份转录组，705份全球茶叶种质资源的遗传信息、1350份云南临沧产区古树茶重测序及对应的448份宏基因组测序数据，上亿条变异数据，为茶叶基础研究和遗传育种提供了重要的数据和平台支持，标志着我国茶叶基因组研究迈向新阶段。
(受访者供图)
(责任编辑：范晓婷)